A Academia estimula a formação dos Departamentos de Subespecialidades, com a finalidade de promover reuniões cientificas sobre temas específicos com neurocirurgiões que se dedicam à área e com outras especialidades que se relacionam com a neurocirurgia.
Departamentos de Subespecialidades
Departamento de Neurocirurgia Vascular
Paulo Henrique Pires de Aguiar (SP) / André Giacomelli Leal (PR)
Departamento de Neurocirurgia Endovascular
André Giacomelli Leal (PR)
Departamento de Neurooncologia
Roger Rotta (SP) /José Marcus Rotta (SP)
Departamento de Cirurgia da Base do Crânio
Ricardo Ramina (PR) / Guilherme Ramina Montibeller (PR)
Departamento de Coluna
Carlos Alexandre Martins Zicarelli (PR)
Departamento de Neurocirurgia Funcional
Murilo de Sousa Menezes (PR) / Osvaldo Vilela Garcia Filho (GO)
Departamento de Neurocirurgia Pediátrica
Ricardo Santos de Oliveira (SP)
Departamento de Neurotrauma
Nelson Saade (SP) / Rodrigo Moreira Faleiro (MG)
Departamento de Neurointensivismo
Jorge Luiz da Rocha Paranhos (MG) / Kélia Rejane Santiago Dias dos Anjos (MG)
Departamento de Hidrodinâmica
Lórimer Sandoval Carneiro (GO) / Calos Tadeu Parisi de Oliveira (SP)
Departamento de Residência e Ligas Acadêmicas
André Giacomelli Leal (PR) / Iracema Araújo Estevão (SP)
Departamento de Mulheres na Neurocirurgia
Mariângela Barbi Gonçalves (RJ) /Ana Maria Ribeiro de Moura (SP)
Departamento de Nervos Periféricos
Francisco Flávio Leitão Filho (CE)